Prima secvențiere a genotipului unui organism eucariot pluricelular realizată integral în România, la Facultatea de Biologie a UB

Prima secvențiere a genotipului unui organism eucariot pluricelular realizată integral în România, la Facultatea de Biologie a UB


Colecția de reads-uri a fost depozitată în baza de date internațională National Center for Biotechnology Information

O echipă de specialiști și studenți ai Departamentului de Genetică al Facultății de Biologie din cadrul Universității din București a realizat prima secvențiere a genotipului unui organism eucariot pluricelular (din aceasta categorie fac parte toate plantele si animalele) realizată integral în România. Denumirea de genotip este mai potrivită pentru informația genetică a unui individ sau a unei populații locale decât termenul general, de genom, care ar trebui utilizat pentru specie.

Echipa laboratorului Drosophila a secvențiat genotipul (Whole Genome Sequencing) unei linii autohtone de Drosophila melanogaster (musculița de oțet), derivată din indivizi colectați din locația sub-montană Romanii de Sus – Horezu (Vâlcea) și stabilizată în cadrul laboratorului.

Experiența practică dobândită în cadrul acestui proiect pilot va permite echipei laboratorului Drosophila din cadrul Facultății de Biologie a UB să abordeze numeroase aspecte teoretice și practice legate de genomica și genetica speciei  D. melanogaster, dar și să ia în calcul secvențierea genotipurilor și genomurilor altor linii sau specii de interes, inclusiv Homo sapiens.

De altfel, una dintre principalele activități de cercetare desfășurate în laboratorul Drosophila al Facultății de Biologie a UB este analiza bioinformatică a prezenței, frecvenței și distribuției elementelor genetice mobile, numite transpozoni, în genotipul liniei Horezu.

Interpretarea datelor de secvențiere reprezintă o mare provocare în ceea ce privește complexitatea softwarelor de bioinformatică și puterea de calcul necesare pentru adnotarea structurală a transpozonilor de interes din genotipul liniei D. melanogaster-Horezu.

Acest demers experimental permite abordarea unor aspecte teoretice și practice legate de genomica și genetica speciei D. melanogaster, iar  caracterizarea transpozonilor din clasa II în linii autohtone reprezintă subiectul unei teze de doctorat aflată în plină desfășurare în laboratorul Drosophila.

Interpretarea datelor de secvențiere referitoare la linia românească de D. melanogaster a fost realizată în laboratorul Drosophila al Facultății de Biologie a UB, inclusiv cu ajutorul programului de bioinformatică Genome ARTIST (www.genomeartist.ro), dezvoltat tot în acest laborator.

Membrii echipei implicate în experimentul de secvențiere sunt lect. univ. dr. Rațiu C. Attila, doctorand Bologa M. Alexandru, masterand Ghiță C. Iulian, student Bălănescu V. Mihnea și conf. univ. dr. Alexandru Al. Ecovoiu.

Obținerea și prelucrarea secvențelor de nucleotide a solicitat un calculator echipat cu 32 Gb RAM DDR4, procesor i7-6500U, SSD 500 Gb și sistem de operare LINUX MINT, la care a fost conectat dispozitivul de secvențiere Oxford Nanopore MinION, pus la dispoziție cu generozitate de către colegii microbiologi.

După 48 de ore de secvențiere efectivă, au fost generate 36,5 Gb de date specifice, a căror prelucrare ulterioară în format special a solicitat încă 4 zile de calcul continuu, astfel încât calculatorul a rulat neîntrerupt aproximativ 6 zile, în perioada 28 februarie – 4 martie 2020.

Colecția de reads-uri (secvențe) a fost depozitată în baza de date internațională National Center for Biotechnology Information (NCBI), iar link-ul poate fi accesat aici.

În imaginea disponibilă aici https://bit.ly/NCBI-UB este reprezentată o ierarhie taxonomică a reads-urilor depuse în NCBI. După cum poate fi observat, o porțiune mare din reads-uri acoperă regiuni din genomul D. melanogaster, în timp ce o fracțiune mai mică de reads-uri sunt asociate genomurilor unor bacterii din microbiota intestinală a musculițelor (specii cum ar fi Providencia rettgeri, Leuconostoc pseudomesenteroides, Serratia marcescens, Chryseobacterium timonianum).

Acest site folosește cookie-uri pentru o mai bună experiență de vizitare. Prin continuarea navigării, ești de acord cu modul de utilizare a acestor informații.

Privacy Settings saved!
Privacy Settings

When you visit any web site, it may store or retrieve information on your browser, mostly in the form of cookies. Control your personal Cookie Services here.


Cine suntem
Site-ul este deținut și administrat de Universitatea din București cu sediul în Bulevardul Mihail Kogălniceanu 36-46, București. Pentru a urmări mai ușor informațiile, trebuie să știţi că ne putem referi la instituția noastră folosind termenii „Universitatea din București”, „nouă”, „nostru” etc, iar la tine, ca utilizator și vizitator al site-ului, folosind termenii „utilizator”, „dumneavoastră”, etc. Această politică descrie informațiile pe care le colectăm atunci când vizitați www.unibuc.ro. Prin utilizarea acestui site web, sunteți de acord cu colectarea și utilizarea informațiilor dumneavoastră personale (în cazul în care acestea sunt furnizate) în conformitate cu această politică. Site-ul poate conține legături către și de pe site-uri web. Dacă urmați un link către oricare dintre aceste site-uri web, rețineți că acestea au propriile politici de confidențialitate. Universitatea București nu are nicio responsabilitate sau răspundere pentru aceste politici sau modul în care aceste site-uri web își gestionează datele. Verificați aceste politici înainte de a trimite orice informații personale acestor site-uri.
Informațiile colectate şi durata de stocare
În cazul în care utilizați site-ul nostru, vom colecta și procesa următoarele date personale despre dumneavoastră:
  • Informații pe care ni le oferiți atunci când completați un formular web sau solicitați trimiterea newsletter-ului. Informațiile pe care ni le furnizați pot include numele, adresa de e-mail, numărul de telefon, etc.
  • Informatiile pe care ni le oferiti in formularul de solicitare de informatii publice (ex. nume, prenume, e-mail) sunt colectate conform Legii nr. 544/2001
  • Informații pe care le colectăm despre dumneavoastră, prin intermediul fişierelor cookie pe care le folosim, în momentul în care accesați site-ul nostru. Pentru detalii suplimentare, consultați informarea privind cookie-urile.
Stocarea datelor de natură personală se realizează pe servere situate în România, atâta timp cât avem consimțămȃntul dumneavoastră.
Cum utilizăm datele personale pe care le furnizați sau le colectăm
Folosim datele personale despre dumneavoastră în următoarele moduri:
  • datele personale furnizate de dumneavoastră prin formularele noastre web vor fi folosite în scopul procesării cererilor dumneavoastră. Prin trimiterea solicitării sunteți de acord cu prelucrarea datelor dumneavoastră de către Universitatea din București.
  • în cazul în care sunteți de acord cu primirea de informații prin newsletter, vă vom trimite noutǎți despre următoarele subiecte:
  • informații despre evenimentele şi activităţile organizate în cadrul Universităţii din Bucureşti
  • informațiile tehnice pe care le colectăm prin utilizarea cookie-urilor vor fi utilizate în scopurile stabilite în “Informarea privind cookie-urile”.
Transferuri internaționale
În vederea oferirii serviciului de newsletter, datele dumneavoastră de identificare și contact sunt transmise către MailerLite, cu sediul în Lituania. Detalii privind măsurile de protectie a datelor adoptate de către MailerLite se găsesc la adresa https://www.mailerlite.com/terms-of-service  şi pe site-ul https://www.privacyshield.gov/welcome Site-ul nostru web utilizează Google Analytics, un serviciu pentru analiza web, precum şi Google Adwords, furnizate de Google. Google Analytics utilizează fișiere de tip cookie pentru a ajuta un anumit site web să analizeze modul în care utilizați respectivul site web. Informațiile generate de fișierele de tip cookie cu privire la utilizarea de către dumneavoastră a site-ului web vor fi transmise și stocate de Google pe servere care pot fi localizate în UE, SEE şi/sau Statele Unite. Google va utiliza aceste informații în scopul evaluării utilizării de către dumneavoastră a site-ului web, elaborând rapoarte cu privire la activitatea site-ului web și furnizând alte servicii referitoare la activitatea site-ului web și la utilizarea internetului. De asemenea, Google poate transfera aceste informații către terți în cazul în care are această obligaţie conform legii sau în cazul în care acești terți prelucrează informațiile în numele Google. Google nu va asocia adresa dumneavoastră IP cu alte date deținute de Google. Informații detaliate cu privire la Google și protecția datelor cu caracter personal (inclusiv modul în care puteți controla informațiile trimise către Google) pot fi găsite la: https://policies.google.com/privacy/partners. Din site-ul nostru web puteţi să distribuiţi un articol utilizând un buton de distribuire în reţelele de socializare (de exemplu: Facebook, Twitter, Youtube). Informații detaliate cu privire la protecția datelor cu caracter personal oferită de aceste organizatii pot fi gasite la adresele: https://www.facebook.com/policy.php https://twitter.com/en/privacy https://www.youtube.com/yt/about/policies/#community-guidelines
Accesați datele dumneavoastră personale
Aveți dreptul să cereți o copie a informațiilor deținute de noi  prin formularea unei solicitări de acces. Pentru a solicita o copie a datelor deținute despre dumneavoastră sau pentru a vă actualiza informațiile, contactați Universitatea din București la adresa de e-mail dpo@unibuc.ro. Datele de natură personală deținute de către Universitatea din București sunt supuse condițiilor din Regulamentul UE 679/2016 care oferă persoanelor vizate dreptul de acces la toate tipurile de informații înregistrate, deținute de operatorul de date, sub rezerva anumitor limitări.
Drepturile persoanei vizate
Conform Regulamentului 679/2016 - GDPR, aveţi dreptul de a solicita Universitaţii din București, în calitate de operator de date de natură personală, rectificarea, ştergerea sau restricţionarea prelucrării datelor personale referitoare la dumneavoastră. De asemenea, aveţi dreptului de a vă retrage consimţământul în orice moment, fără a afecta legalitatea prelucrării efectuate pe baza acestuia, înainte de retragere. Dacă nu mai doriți să primiți newsletter-ul, vă puteţi dezabona prin trimiterea unui e-mail la adresa contact@pr.unibuc.ro sau prin folosirea linkului de dezabonare din cadrul newsletter-ului.
Dreptul de a depune o plângere în faţa Autorităţii de supraveghere
Conform Regulamentului 679 /2016 - GDPR, aveți dreptul de a depune o plângere la Autoritatea Naţională de Supraveghere a Prelucrării Datelor cu Caracter Personal. Mai multe detalii se pot obține accesȃnd adresa http://www.dataprotection.ro/.
  • _ga
  • _gid
  • _gat

Decline all Services
Accept all Services